Територія біосферних резерватів передбачає її функціональне зонування і встановлення диференцiйованого режиму охорони. В заповiднiй зонi (зоні А) заборонено будь-яке господарське втручання в хiд природних процесiв. Тут заповiдник виконує в основному науковi i природоохороннi завдання, тому вiдвiдування цієї територiї обмежено. Крiм штатних працiвникiв на території зони А можуть працювати спецiалiсти з рiзних науково-дослiдних установ, а також студенти вищих учбових закладiв, якi проходять в заповiднику учбово-виробничу практику. В буфернiй зонi (зона В), яка створена для запобiгання негативного впливу на заповiдне ядро, господарська дiяльнiсть суворо лiмiтується. Зона антропогенних ландшафтiв (зона С), де проводиться традицiйне природокористування та рекреацiя, підлягає постiйному контролю за дотриманням встановлених правил та обмежень.

    Функцiональне зонування територiї заповiдника сприяє поєднанню завдань охорони природи з іншими iнтересами, зокрема з збереженням культурного спадку. В зоні С Карпатського заповідника знаходяться традиційні високогірні пасовища з усіма необхідними атрибутами - житлом, господарськими будівлями, загонами для овець тощо. Політика заповідника полягає в збереженні та підтриманні національних традицій і, в той же час, в стимулюванні природобережливого господарювання на цій території.

    Територiя зони А заповiдника розподiлена мiж сімома лiсництвами - Чорногiрським, Кузій-Свидовецьким, Требушанським, Кевелівським, Марамороським, Угольським та Широколужанським, в складi яких є по 10-12 обходiв. За кожним обходом закрiплюється лiсник, який несе вiдповiдальнiсть за охорону даної територiї. Вхід (в`їзд) в кожний масив обладнано контрольно-перепускними пунктами (КПП) та спеціальними приміщеннями. Прохiд на територiю i вихiд з неї здiйснюється згiдно вiдповiдних перепусток через згаданi пункти. На КПП забезпечується щоденне чергування лiсової охорони. В окремi перiоди з пiдвищеною пожежною небезпекою, а на окремих КПП протягом року, встановлюється цiлодобове чергування. В усiх лiсництвах лiсова охорона проводить регулярне патрулювання території по спеціально визначених маршрутах.

    Система охорони буферної зони i зони антропогенних ландшафтiв в значнiй мiрi вiдрiзняються вiд специфiчної охорони заповiдної зони. Вона полягає головним чином в дотриманні спеціальних заходів для обмеження господарського використання природних ресурсiв у цих зонах.