Кластерний
тип заповідника, висока біогеографічна та
ландшафтна репрезентативність, обумовлює
широкий спектр габітатів на цій території. Тут
представлений весь комплекс висотної поясностi
Українських Карпат - від елементів передгiрних
лук та дiбров до альпiйського поясу з лучними,
скельно-лишайниковими ландшафтами. Територія
Карпатського біосферного заповідника вкрита, в
основному, лісовою рослинністю, яка займає
більше 90 % його загальної площі. Лучні ценози
займають лише біля 5% заповідної території і
представлені на низинних заплавних луках масиву
”Долина нарцисів”, у високогір`ї та на лісових
галявинах. Решту території займають скелясті
виходи, кам`янисті розсипи та водотоки.
Панівним типом рослинності заповiдника є ліси, значну частку яких становлять праліси. У формуванні лiсового покриву беруть участь понад 25 деревних порід, з яких 8 відносяться до лісоутворюючих. У рівнинній найбільш теплій частині Закарпаття поширені дубові, грабово-дубові, дубово-букові та буково-дубові ліси. Вони представлені у заповіднику на території ботанічних заказників “Чорна Гора” і “Юлівська Гора”. Дубові ліси сформовані дубом скельним (Qercus petraea), частково дубами багатоплідним (Q. polycarpa) та Далешампа (Q. dalachampii). Тут збереглися унікальні низькорослі дубові фітоценози (Quercetum humile), які за структурою нагадують південно-європейські шибляки (асоціації Quercetum petraeae dalechampii phleosum phleoidis і Q. p. melicoso pictaepoosum). На виходах магматичних порід в єдиному в Україні місці зростають Fraxineto orni-Quercetum petraeae dalechampii phlooso-festucosum sulcatae і Fraxineto orni-Quercetum petraeae dalechampii melicos
um pictae. Поряд поширені Quercetum petraeae ligustrosum, Quercetum petraeae cornosum та Quercetum petraeae asperulosum. Унікальними для Українських Карпат є також Querceto petraeae-cerris ligustrosum та Tilieto argenteae-Quercetum petraeae staphylosum. На північних експозиціях представлені Carpineto-Quercetum petraeae ligustrosum, Fageto-Quercetum petraeae asperulosum та Fagetum asperulosum. Загалом рослинність цієї території носить лісостеповий характер. Окрім заказників, ліси за участю дуба фрагментарно представлені в найтепліших ділянках окремих гірських заповідних масивів. У Кузійському масиві на нижчих гіпсометричних рівнях (360-630 м) зростають дубово-букові та буково-дубові ліси. Найбільш поширені асоціації - Fageto-Quercetum petraeae asperulosum та Quercetum petraeae-Fagetum luzulosum luzuloidae. Представлена тут і унікальна асоціація: Fageto-Abieto-Quercetum petraeae dentariosum. В Кузійському масиві на висоті 1090 м н.р.м. відмічено найвище для України місцезростання дуба скельного (Qercus petraea) в асоціації Querceto petraeae-Fagetum myrtillosum. В південній частині Угольсько-Широколужанського масиву серед бучин збереглися невеликі осередки Qercus petraea, який утворює наступні асоціації: Querceto-Fagetum asperulosum, Quercetum luzulosum luzuloidis та Fageto-Quercetum dentariosum.З підвищенням висоти над рівнем моря життєвість бука (Fagus sylvatica) збільшується. В оптимальних екологiчних умовах він формує монодомінантні угруповання. Чисті бучини широко представлені у всіх гірських заповідних масивах. Практично повністю формують вони рослинний покрив в Угольсько-Широколужанському масиві, домінують в Кузійському масиві та ландшафтному парку “Стужиця”, складають значну частку в Марамороському та Свидовецькому масивах. Тільки в найхолоднішому та найвисокогірнішому Чорногірському масиві вони зустрічаються фрагментарно. Їх ценотичне ядро складають Fagetum dentariosum, F. symphitosum, F. caricosum pilosae, F. galiosum, F. asperulosum і F. athyriosum, рідше F. alliosum ursinea. На скелястих грунтах, де життєвість бука понижена, представлені осередки Acereto pseudoplatani-Fagetum, Fraxineto excelsioris-Fagetum, Fageto-Fraxineto-Aceretum pseudoplatanae mercurialidosum та інші.
За менш сприятливих кліматичних умов бук формує мішані деревостани, в тій чи іншій мірі представлені у всіх гірських заповідних масивах. Найбiльшi площi в заповіднику займають наступні фiтоценози - Piceeto-Abieto-Fagetum asperulosum, Abieto-Piceeto-Fagetum, Fageto-Abieto-Piceetum oxalidosum. Зрiдка зустрiчаються ялицево-буковi лiси за участю Abies alba, які представленi Abieto-Fagetum oxalidosum i A.-F. athyriosum.
Формація природних смерекових лісів (Piceetea abietae) займає найвищу висотну ступінь лісового покриву. В межах заповідника чисті клімаксові смеречники формують верхню межу лісу в Чорногорі, Свидовці та Мараморошах. Вони в основному представлені - Picee
tum oxalidosum, P. polytrichosum, P. myrtillosum.Серед азональних лісових угруповань найбільшої уваги заслуговують Alnetum incanum i Piceeto-Alnetum incanae, які утворюють вузьку смугу вздовж гiрських потокiв; Betuletum pendulae на кам`янистих розсипах; Taxeto-Fagetum та Juniperetum sabinae, що збереглися на вапнякових оголеннях.
Вище лісового поясу розташованi субальпiйськi та альпiйськi луки з фрагментами заростей криволiсся. В субальпiйськiй рослиннiй ступенi Чорногори та Мараморош поширенi клiмаксовi угрупування Mugheta, Duschekieta i Junipereta sibiricae. Характерними є рiдкiснi угруповання з домiнуванням Rhododendron kotschyi, Salix herbacea, S.retusa та високотравних видiв Adenostyles alleariae i Cirsium waldschteinii. Значнi площi тут займають трав’янистi угруповання iз Deschampsia caespitosa, Calamagrostis villosa та значно меншi - з Nardus stricta. Більшу частину цих травостоїв складають Anthoxanthum alpinum, Agrostis tenuis, Festuca rubra та види роду Poa, особливо P. alpina i P. pratensis. На Свидовці вище лісового поясу поширено криволісся з душекії зеленої (Dushekia viridis) та ялівцю сибірського (Juniperus sibirica). Pinus mugo, а також і Rhododendron
kotschyi тут відсутні, проте ряд видів зростають в Українських Карпатах лише в Свидовецькому масиві: крупка аїзовидна (Drabba aizoides), очанка зальцбурська (Euphrasia salisbur-gensis), ломикамінь переломниковий (Saxifraga androsacea) та ін.У регіональному ландшафтному парку “Стужиця” верхня межа лiсу проходить на висотi бiля 1200 м. Вона утворена криволiссям iз Fagus sylvatica, Acer pseudoplatanus i Sorbus aucuparia, що в улоговинах переходить у фрагменти заростей Duschekia viridis. В її бiогрупах зустрiчаються окремi рослини Adenostyles alliariae, Cicerbita alpina, Poa chaixii, Veratrum album. Верхня частина водороздiльного хребта (вище 1200 м) зайнята субальпiйськими луками з лучних та чагарничкових угруповань з Nardus stricta та Vaccinium myrtillus. Незначнi площi зайнятi угрупованнями з Festuca rubra, F. picta, Deschamosia caespitosa, Poa chaixii тощо.
В заповідному масиві ”Долина нарцисів” охороняються також рівнинні лучні фітоценози, представлені різнотравними та злаково-різнотравними угрупованнями з переважанням Festucetae rubrae, Deschampsieta caespitosae, Alopecurieta pratensii, Bromopsideta mollis. Тут знаходиться під охороною осередок нарцису вузьколистого (Narcissus angustifolius), популяцiя якого в цьому рiвнинному локалiтетi збереглася з пiсляльодовикового перiоду i має релiктовий характер. Цей вид на територiї масиву зростає в декiлькох угрупуваннях: Narcissus angustifolius + Sanguisorba officinalis + Anthoxanthum odoratum, N. angustifolius + Festuca pratensis + Holcus lanatus,
Juncus conglomeratus + Filipendula vulgaris + N. angustifolius.Водні габітати заповідника представлені переважно численними водотоками гірського характеру. Рівнинна річка відома тільки для масиву “Долина нарцисів”. Незначна кількість невеликих стоячих водойм знаходиться у високогірній частині Карпатського заповідника.
Серед інших габітатів не можна не відмітити підземні порожнини як штучного, так і природного походження, які знаходяться на території кількох заповідних масивів
(загалом близько 50). Вони містять унікальні ендемічні троглобіонтні комплекси, а також одні з найбільших у Європі зимових колоній кажанів.